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在华为P40手机上设置短信加密，可以通过以下步骤来完成。
1、打开“设置”。
2、点击“安全”选项。
3、选择“应用锁”或者“应用加密”（具体名称可能因系统版本而异）。
4、输入设置的锁屏密码或验证指纹/面部识别。
5、在应用列表中找到“短信”应用，然后开启应用锁功能。
6、可以选择另外设置一个密码或指纹/面部识别来解锁短信应用，这样，进入短信应用时就需要验证设置的密码或指纹等。
不同版本的EMUI系统操作可能会有所不同，如果遇到操作问题，建议查看手机的用户手册或在线查找针对华为P40的具体设置教程，加密应用可能会导致忘记密码时恢复数据困难，所以请务必牢记设置的密码。
信息仅供参考，如果仍有疑问，建议咨询华为官方客服或到华为专卖店询问工作人员。